Онлайн
кейс-чемпионат

Объект разработки: Тест система, включающая в себя набор олигомеров (праймеров) и других реактивов для определения по образцу крови статуса метилирования промоторов генов-мишеней для опрделения колоректального рака. Гиперметилирование промоторов которых ассоциировано с колоректальным раком и колоректальной аденомой, при помощи ПЦР в реальном времени (RT-PCR).

Задачи для команды:
1) Подобрать гены-мишени самостоятельно, ассоциированные с КРР, обосновать свой выбор;
2) Задизайнить последовательности праймеров и зондов;
3) Выбрать штаммы для наработки полимеразы и протеиназы К;
4) Описать метод выделения в составе набора тест-системы;
5) Описать метод бисульфитной модификации ДНК в составе набора тест-системы;
6) Найти поставщиков для сырья;
7) Выбрать СКО для контроля качества тест-системы;
8) Разобраться с интерпретацией результатов;
9) Обосновать почему данная тест-система очень нужна рынку.

Актуальность кейса:
Колоректальный рак по заболеваемости занимает третье место в мире и занимает второе место в мире по смертности по данным ВОЗ, что совпадает с данными по заболеваемости и смертности от колоректального рака в США. В РФ колоректальный рак занимает первое место по заболеваемости для обоих полов и второе место по смертности. Выживаемость при колоректальном раке прежде всего зависит от стадии, на которой диагностировали заболевание, а также в меньшей степени от других факторов.
Стандартом скрининга и диагностики колоректального рака является колоноскопия с гистопатологическим и/или иммуногистохимическим анализом биоптатов из новообразований. Показанием для данной диагностики часто является обнаружение метастатических очагов при КТ либо МРТ обследовании. Очевидно, что скрининговые мероприятия могут помочь с ранней диагностикой колоректального рака в РФ, тем более есть опыт других стран, но колоноскопия, несмотря на то, что включена в перечень процедур, одобренных в ОМС, инвазивна. Так как колоноскопия - это инвазивная процедура, в подавляющем числе случаев требующая анестезию (хотя в РФ предлагается и без), для которой необходимо специально оборудованное клиническое помещение. Данные факторы ограничивают частоту клинического применение процедуры (анестезия и цена для государства), а для населения доступность в связи с удаленностью медицинских центров от места проживания. Решением данной проблемы может служить почти неинвазиный метод скринирования, который можно пройти в почти любой местной клинике.

Объект разработки: Разработка алгоритма автоматической объективной оценки снимков КТ/МРТ.


На выбор предоставлены две подзадачи:
Подзадача 1: Объективизация оценки магнитно-резонансной томографии головного мозга для оценки очагов при рассеянном склерозе
Подзадача 2: Объективизация применения алгоритма RECIST по данным компьютерной томографии для оценки ответа злокачественных опухолей на проводимое лечение (на примере колоректального рака)

Задачи для команды:

При выборе подзадачи 1:

Обучить ИИ анализу снимков МРТ с применением критериев МакДональда (2017) для диагностики рассеянного склероза, включая, но не ограничиваясь:

1. Выявление Т2-гиперинтенсивных очагов при рассеянном склерозе
2. Устанавливать их локализацию
3. Характеристика диссеминации во времени

При выборе подзадачи 2:

Обучить ИИ анализу снимков КТ/МРТ с применением критериев RECIST1.1 для оценки ответа солидных опухолей, включая, но не ограничиваясь:

1. Выявление измеримых/неизмеримых очагов
2. Расчет суммарных размеров опухолевых очагов
3. Динамическая оценка размеров опухоли с формулированием заключения по ответу опухоли
4. Оценка наилучшего ответа опухоли

Актуальность: проблема актуальна как в рамках проведения клинических исследований препаратов для лечения рассеянного склероза и солидных опухолей, так и в рутинной практике лучевых диагностов, неврологов и онкологов.

Объект разработки:
1) Предложите терапевтический олигонуклеотид, направленный на лечение транстиретинового амилоидоза;

2) Опишите механизм действия, синтез, модификации и систему доставки терапевтического олигонуклеотида.

Задачи для команды:

1) Определите мишень и механизм действия для терапевтического олигонуклеотида;

2) Предложите структуру терапевтического олигонуклеотида, модификации нуклеотидной последовательности и систему доставки;

3) Опишите технологию синтеза выбранного олигонуклеотида;

4) Предложите методы очистки и контроля качества получаемого терапевтического олигонуклеотида.

Актуальность кейса:
В мире насчитывается около 350 миллионов пациентов с редкими заболеваниями. В то время как 80% случаев вызваны наследственными генными мутациями, остальные 20% являются причиной инфекционных и аутоиммунных заболеваний, в том числе вызванных факторами окружающей среды. Выявлено около 7000 наследственных редкихзаболеваний, однако для 95% из них не разработаны методы лечения.
Наследственные мутации, вставки и делеции в отдельных генах вызывают большинство редких заболеваний. Обнаружены гены, ответственные за многие редкие заболевания. Однако разработать методы лечения редких заболеваний сложно, поскольку детальные механизмы многих редких заболеваний остаются неизвестными. Например, делеция области на хромосоме 5, содержащей ген выживающего мотонейрона 1, вызывает спинальную мышечную атрофию, однако у пациента нет аномальной мРНК или белка.
Недавний всплеск одобренных олигонуклеотидных терапевтических средств указывает на неизбежный потенциал этих методов лечения. Терапия на основе олигонуклеотидов имеет значительно улучшенную селективностью по отношению к мишени и меньшим количеством нецелевых эффектов, чем небольшие молекулы.
Терапевтические олигонуклеотиды включают антисмысловые РНК, микроРНК (MIR), малые интерферирующие РНК (миРНК) и аптамеры, которые в настоящее время исследуются на предмет их использования при нейродегенеративных расстройствах, раке и даже орфанных заболеваниях.